Gore Daimon,
Não sei se essa responta q vou lhe dá é simples demais e não possa ser usada em rede, mas no Dolphin, quando eu quero trocar a propriedade de todos os arquivos de uma pasta, eu entro com root, vou na pasta, em "propriedade" e na aba "Permissões", eu troco e troco o "Usuário" e "Grupo" por "root" ou qualquer outro usuário e seleciono a opção "
aplicar a alterações em todas as subpastas e seus conteúdos", e dou OK.
Não sei se era isso, espero ter ajudado.
Quanto ao arquivos apache, nessa opção acima, não tem como não altera-los tb. Talvez depois disso, selecionar os que eram apache e fazer este mesmo procedimento para deixa-los de propriedade apache novamente.
Abs