Para ele aparecer no menu tem que ter um arquivo .desktop dentro do diretório /usr/share/applications/
Geralmente o arquivo do virtuabox é /usr/share/applications/mandriva-virtualbox.desktop, verifica se esse arquivo existe, se ele não existir, cria ele com o conteúdo abaixo:
[Desktop Entry]
Name=VirtualBox OSE
Comment=Full virtualizer for x86 hardware
Exec=/usr/bin/VirtualBox
Icon=virtualbox
Type=Application
Terminal=false
Categories=Emulator;
MimeType=application/x-virtualbox-vbox;application/x-virtualbox-vbox-extpack;application/x-virtualbox-ovf;application/x-virtualbox-ova;
Ele deverá aparecer no Menu Ferramentas, por causa da categoria dele.